時は現代。舞台は山あいにある古風な坂の町、逢辻市。


主人公の朱鷺森秀弥（ときもりしゅうや）は逢辻学園の天文部に所属する、ごく平凡な学生だった。

両親はなく、幼い頃から祖父母に育てられた彼は星の世界に強く惹かれ、
逢辻学園の天文部に所属していた。天文部には秀弥の幼なじみの鳴海若菜、先輩の夏生妙子、後輩の七瀬香鈴、そして顧問代理の永倉真子先生と、さわがしくも楽しい仲間と共に天体観測にいそしんでいる。


――ある夜、秀弥たちは妙な輝き方をする流星を目撃する。

「ＵＦＯ？」

「人魂？」

流星目撃の熱も冷めやらぬ翌日、ひとりの転校生が逢辻学園にあらわれる。

冷たくも美しい彼女の名は渡部飛鳥。人と距離をおくかのような彼女の言動、それでいて昔から秀弥を知っているかのような、その態度に主人公たちは疑問を感じながら、それでも普段の学園生活を楽しんでいく。

しかし、飛鳥があらわれてから不思議なことが起こりはじめる。

突然、物が壊れたり、あるいはそれまでにそこにあった物が消失したりというように。奇妙な出来事は、次第に頻度を増していく……。


そして最後に独りぼっちになった秀弥の前に現れる謎の転校生。


『あなたの刻が終わろうとしています』

――彼女は静かにそう告げた。